關于熒光顯微鏡相機芯片的選擇，CCD芯片在熒光顯微鏡市場中一直是一項成熟的技術，適用于高質量的顯微鏡相機，但是CMOS芯片發展迅速，“背照式結構"(BSI)的技術進入科學領域，圖像芯片領域日漸成熟，更具競爭力。該技術反轉了像素結構，將光敏光電二極管直接置于微透鏡下，從而顯著提高像素的量子效率。
CMOS芯片提供極低噪聲，高幀率，寬動態范圍，高量子效率和高分辨率的能力，在要求出色的成像應用中獲得廣泛認可。在噪聲水平方面，CMOS芯片能與傳統的CCD芯片相媲美，甚至表現比CCD更出色，幀速率、分辨率以及滿足更低的功耗/散熱要求的逐漸成熟優化，對于一般的熒光成像，CMOS芯片是科學領域研究獲得出色圖像的理想選擇。

廣州明慧顯微鏡相機MHD系列、MHS系列產品大部分采用Sony Exmor CMOS背照式傳感器的C接口CMOS USB3.0相機，是新一代科學CMOS相機，MHC系列采用索尼ExView HAD CCD芯片傳感器，傳感器接收彌散光，大幅降低傳感器的噪聲，在黑暗的環境下也可得到高亮度的照片。用于弱光或熒光圖像的拍攝與分析，用于病理分析等對色彩要求高的領域。

當然，影響顯微鏡成像的變量有很多，不止芯片的選擇，一些成像變量也影響著圖像質量。為了最大限度提高圖像質量，我們應將適當的相機技術與顯微鏡系統相結合，例如使用光照均勻的光源、高NA物鏡，濾光片組合等，確保獲得出色的圖像。